-
1. Within
5 november 2000 (45 minuten)
De FBI begint een zoektocht naar Agent Mulder, die ontvoerd is door de aliens. Scully en Skinner krijgen echter al snel te maken met de FBI-agent, John Doggett.
-
2. Without
12 november 2000 (45 minuten)
De zoektocht naar Mulder leidt naar de Arizona woestijn waar ze kennis maken met Gibson Praise, maar Doggett heeft niks in de gaten over de Alien Bounty Hunter die ze in de gaten houden.
-
3. Patience
19 november 2000 (45 minuten)
Doggett wordt op de X-files gezet, en samen met Scully onderzoekt hij een aantal moorden waarbij de technieken niks herkenbaar zijn.
-
4. Roadrunners
26 november 2000 (45 minuten)
Wanneer Scully alleen werkt, treft ze een sekte aan die een mysterieuze parasiet aanschoudt.
-
5. Invocation
3 december 2000 (45 minuten)
Een jongetje dat vroeger vermist is geraakt komt terug, maar alleen is hij geen dag ouder geworden. Doggett heeft wel in de gaten dat het jongetje niet is dat hij lijkt dat hij is.
-
6. Redrum
10 december 2000 (45 minuten)
Een oude vriend van Doggett wordt wakker in de gevangenis en zal zijn onschuld moeten bewijzen. Maar de dagen gaan niet verder, maar gaan terug...
-
7. Via Negativa
17 december 2000 (45 minuten)
Doggett en Skinner onderzoeken de mysterieuze moorden van een religieuze sekteleider, terwijl Scully afwezig is.
-
8. Surekill
7 januari 2001 (45 minuten)
Een man wordt doodgeschoten in een politiecel en het onderzoek leidt naar twee broers met krachten die alles ontkennen.
-
9. Salvage
14 januari 2001 (45 minuten)
Een man komt terug uit de dood, maar wanneer ze ontdekken dat de man van metaal is, is de man niet dat hij zegt dat hij is.
-
10. Badlaa
21 januari 2001 (45 minuten)
Een mystic smokkelt zichzelf uit India, maar al snel begint zijn moordende zoektocht twee families te bedreigen, terwijl Scully de gelovige manier van Mulder probeert uit te voeren tijdens het onderzoek.
-
11. The Gift
4 februari 2001 (45 minuten)
Doggett ontdekt een zaak die Mulder van Scully verborgen hield: een zogenoemde zielen-eter, die mogelijk informatie kan lekken over Mulders alien-ontvoering.
-
12. Medusa
11 februari 2001 (45 minuten)
Doggett en een SWAT-team gaan op onderzoek uit onder de grond om een antwoord te krijgen op moordzaken in de Boston voetgangerstunnel.
-
13. Per Manum
18 februari 2001 (45 minuten)
Scully's baby is in gevaar wanneer vrouwen steeds meer alien baby's paren, kan ze haar eigen baby zelf redden???
-
14. This Is Not Happening
25 februari 2001 (45 minuten)
Doggett stelt de rest voor aan Agent Monica Reyes om onderzoek te doen naar een ufo. Totdat Mulder blijkbaar mogelijk dood is aangetroffen...
-
15. DeadAlive
1 april 2001 (45 minuten)
Drie maanden na Mulders begrafenis, wordt Billy Miles levend teruggevonden, waardoor ze het lichaam van Mulder opgraven. Zal hij nog leven?
-
16. Three Words
8 april 2001 (45 minuten)
Mulder doet onderzoek naar een persoon die Het Witte Huis wilde waarschuwen, hij moet echter zijn onderzoek geheimhouden omdat hij niet meer mag werken voor de X-files afdeling.
-
17. Empedocles
15 april 2001 (45 minuten)
Een duivelse zaak wordt plotseling in verband gebracht met de dood van Doggetts zoon, Mulder en Reyes werken samen aan het onderzoek.
-
18. Vienen
22 april 2001 (45 minuten)
Mulder reist stiekem met Doggett naar een olieplatform waar mysterieuze gebeurtenissen plaatsvinden, snel wordt duidelijk dat alle werknemers besmet zijn met de zwarte olie...
-
19. Alone
6 mei 2001 (45 minuten)
Mulder wordt ontslagen en Scully neemt tijdelijk ontslag vanwege haar baby, waardoor Doggett en Mulders assistente vast worden gehouden door een mysterieuze insect soort monster.
-
20. Essence
13 mei 2001 (45 minuten)
Wanneer Mulder vermoedt dat Scully's baby in gevaar is, helpt Reyes haar beschermen. Ondertussen nemen Skinner, Mulder en Doggett het op tegen de super-soldiers.
-
21. Existence
20 mei 2001 (45 minuten)
Hoewel zelfs Reyes's bescherming Scully's baby niet kan redden, moet Reyes een keuze maken. Ondertussen ontdekken Mulder, Skinner en Doggett een complot binnen de FBI.