'Star Trek into Darkness' volgt de bemanning van de Enterprise, als zij terug naar de Aarde worden geroepen. Daar ontdekken ze dat een niet te stoppen terreurbeweging binnen de Starfleet de vloot heeft vernietigd, samen met alles waar zij voor staat. Als gevolg daarvan verkeert de wereld in staat van crisis en moet Captain Kirk (Chris Pine) een klopjacht leiden op de verantwoordelijken. Hij blijkt daarbij nog een persoonlijke rekening te moeten vereffenen. Kirk leidt zijn team door een wereld die meer weg heeft van een oorlogsgebied, waarbij vriendschappen verscheurd zullen worden en offers gemaakt moeten worden voor de enige familie die Kirk nog heeft: zijn bemanning.

Dr. Ryan Stone (Sandra Bullock) is een briljante medische ingenieur die op haar eerste shuttlemissie gaat met de ervaren astronaut Matt Kowalski (George Clooney), die het commando heeft over zijn laatste vlucht voor hij met pensioen gaat. Maar een schijnbaar routine ruimtewandeling draait uit op een ramp. De shuttle wordt vernietigd waardoor Stone en Kowalski alleen achterblijven – vastgeketend aan elkaar en steeds verder zwevend in het duister. De oorverdovende stilte verraadt dat ze elke link met de Aarde verloren hebben ... en elke kans op redding. Angst wordt paniek, en elke hap lucht vermindert de nog resterende hoeveelheid zuurstof. Maar misschien is de enige weg naar huis verder te gaan in de angstaanjagende uitgestrektheid van de ruimte.

Emmet, een doodnormaal Lego-figuurtje, wordt ten onrechte aangezien als de meest bijzondere persoon, en degene die de sleutel is tot het redden van de wereld. Hij wordt meegezogen in een gemeenschap van vreemdelingen op een epische zoektocht naar een kwaadaardige tiran. Een reis waar Emmet totaal niet tegen opgewassen is.

In de toekomst zijn regeringen en economieën over de hele wereld ingestort. Voedsel is schaars, NASA bestaat niet meer en de 20ste eeuw is de grote schuldige. Wanneer een mysterieus wormgat in de ruimtetijd opengaat, is het aan een groep overblijvende onderzoekers van NASA om op verkenning te gaan en de mensheid hoop te bieden.

Adonis Creed heeft zijn beroemde vader, de wereldkampioen zwaargewicht Apollo Creed, nooit gekend doordat hij stierf voor zijn geboorte. Toch valt niet te ontkennen dat boksen in zijn bloed zit. Adonis besluit naar Philadelphia te reizen naar de plek waar de legendarische wedstrijd tussen Apollo Creed en Rocky Balboa plaatsvond. Eenmaal in de stad zoekt hij Rocky op en vraagt hem om hem te trainen. Ondanks dat Rocky uit de bokswereld is gestapt ziet hij potentieel in Adonis.