Een particuliere militaire operatie onder leiding van Valmora vindt futuristische microchiptechnologie uit waarmee de geest van een agent het lichaam van een andere persoon kan bewonen om geheime, dodelijke missies uit te voeren. Maar wanneer een agent wordt gedood tijdens een geheime missie, neemt zijn vrouw zijn plaats in, in een poging de verantwoordelijke man voor het gerecht te brengen.
Valmora [Bruce Willis] leidt een nauwelijks uit te leggen (lees: buitengewoon vaag) militair wetenschappelijk element. Iets met technologie waardoor je geest in een ander lichaam (en een andere dimensie, of zoiets) belandt, waardoor speciaal getrainde huurmoordenaars hun doelwitten kunnen uitschakelen zonder enig spoor naar de opdrachtgever. Wanneer een van de deelnemers [Mustafa Shakir] in een coma belandt, ontdekt zijn echtgenote [Andy Allo], zelf werkzaam bij Black Ops, wat er is gebeurd. Ze besluit de plaats van haar man in te nemen en hem te wreken door zijn klus af te maken. Allo doet wat ze kan met dit materiaal en in zijn laatste film valt Willis behoorlijk mee, maar met een scenario dat zich slimmer voordoet dan het is (Atlas heeft Looper waarschijnlijk iets te vaak gezien) laat Atlas ze helaas behoorlijk in de steek.